用聚丙烯酰胺为支持基质的电泳程序。一般说来，实现聚丙烯酰胺凝胶电泳有两种类型。
1、单向电泳：采用完整的蛋白质或用十二烷基硫酸钠(SDS）处理的蛋白质的单向泳动，在有凝胶的平板上平行分离（过去也有用在玻管中的圆筒形棒状凝胶进行电泳的，现已很少有人使用）。
2、双向电泳：首先用天然蛋白质进行分离，然后凝胶平板再用SDS处理，样品便在第二向得到分离。第一次分离了各种各样的蛋白质，因此第二向分离的是蛋白质亚基。 主要优点是：
⑴合成聚合物，故重复性良好；
⑵分离能力好；
⑶通过增减丙烯酰胺单体和交联剂（N,N′-亚甲基双丙烯酰胺）的浓度，可以调节凝胶的孔径大小；
⑷操作简便、时间短；
⑸化学性质稳定、机械性能好，柔软；
⑹在酸性或碱性缓冲液中均可进行电泳，而且可加入两性电解质进行等电点电泳，可用含电解质表面活性剂（SDS）或非电解质表面活性剂（Np40、Tritonx-100等）的凝胶进行电泳，亦可使两者组合进行双向电泳等等，使用范围广泛，利用价值日益提高；
⑺由于染色技术的进步，可以进行定量，也可检测出极微量的斑点（琼脂糖电泳）。
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